ステージに配置された 2 つの要素の位置を入れ替える JSFL を書いた。
var selection = fl.getDocumentDOM().selection;
if (selection.length === 2) {
var temp = {};
temp.x = selection[0].x;
temp.y = selection[0].y;
selection[0].x = selection[1].x;
selection[0].y = selection[1].y;
selection[1].x = temp.x;
selection[1].y = temp.y;
}
同一レイヤ上且つ、同一サイズの画像同士の位置替えが楽になると思う。